Daneben gibt es auch eine dritte Fraktion, „Die Vergessenen“. Hierbei handelt es sich allerdings um eine Fraktion, welche von der KI gesteuert wird und nicht vom Spieler ausgewählt werden kann.
Fraktion #1: Die GDI – Global Defense Initiative
Über die GDI bekommt man die Information, dass diese eine Militärorganisation der acht größten Industrienationen ist. Diese will irdische und außererdische Bedrohungen bekämpfen.
Fraktion #2: Die Nod
Die Nod dagegen ist ein terroristischer Tiberiumkult. Diese wollen den außerirdischen Kristall weltweit verbreiten.
Welche Fraktion soll ich nun wählen? Wo liegen die Unterschiede?
Hierbei handelt es sich eher um eine Grundsatzfrage, auf welcher Seite man stehen will. Große Auswirkungen hat die Auswahl der Fraktion allerdings nicht, denn in einer Allianz können Mitglieder aus beiden Fraktionen sein. Die begründung liegt darin, dass man keine Freunde, die zusammen spielen wollen trennen möchte.
Die Unterschiede zwischen GDI und Nod liegen dann im Detail, denn vieles läuft gleich ab, wie bspw. der Basenbau oder der Aufbau einer Allianz. Die Nod verfügen dafür über einen eigenen Technologie-Baum mit individuellen Einheiten. So erhält man unter anderem Truppengattungen früher als die GDI. Desweiteren haben die Einheiten alle eigene Werte, sodass ein innovatives Kampfsystem geschaffen worden ist.
Ebenfalls unterschiedlich sind die Supportgebäude sowie die Benutzeroberfläche und das Tutorial. So gibt es als Supportgebäude für die einen die Spezialisierung auf Unterstützung für Fahrzeuge, während die anderen eine Unterstützung gegen Flugzeuge bzw. gegen Landeinheiten erhalten.
